Ngày 11-8-1956, Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ra Nghị định số 70/NĐ thành lập Cục Vận tải Đường thủy do ông Lý Văn Sâm làm Cục trưởng, trụ sở đóng tại số nhà 54 phố Hàng Chuối - Hà Nội.

Ngày 5-5-1965 Bộ GTVT ra Quyết định số 1046/QĐ giải thể Cục Vận tải Đường thủy để thành lập Cục Vận tải Đường biển và Cục Vận tải Đường sông.

Từ tháng 4-1966, máy bay Mỹ tăng cường đánh phá các trọng điểm GTVT ở Việt Nam trong đó có Long Đại, sông Gianh, Hoàng Mai, Bến Thủy, Hàm Rồng, kênh đào Nhà Lê (Kênh Gâm, Kênh Than), các đoạn sông thuộc Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh,...

Bộ GTVT có chủ trương đào và khai thác kênh Nhà Lê với chiều dài 500 km từ Ninh Bình xuyên qua Thanh Hóa, Nghệ An vào tậm Cẩm Xuyên (Hà Tĩnh). Các đội khảo sát được huy động khẩn trương đo đạc. Các công trường nạo vét thủ công phân chia theo địa giới tỉnh được đồng loạt mở ra ở 4 tỉnh (Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh). Bộ GTVT thành lập Ban Chỉ đạo nạo vét toàn tuyến kênh, gọi tắt là Ban KT65 do ông Quang Tuần làm Trưởng ban.

Đến hết năm 1965, toàn tuyến kênh Nhà Lê đã nạo vét được 365.000m3. Những đoạn cạn nhất đã được đào sâu 0.5-0.6m. Khi thủy triều lên độ sâu đạt 1-1.2m. Các loại thuyền có trọng tải 10 tấn đã có thể đi lại thông suốt từ Thanh Hóa đến Vinh theo hai con nước triều trong tháng. Năm 1966, Bộ GTVT đã điều động 3 đại đội thanh niên xung phong tổng số gần 1.000 đội viên nam nữ chốt tại các khúc kênh quan trọng như kênh Son, kênh Ma Đa, kênh Cấm, kênh Sắt. Do nhu cầu vận chuyển hàng từ ngoài Bắc vào Nghệ An, Hà Tĩnh rất cấp bách, Cục Đường sông đã cho huy động các thuyền có trọng tải từ 15 tấn trở xuống đi làm nghĩa vụ vận tải trên tuyến kênh Nhà Lê từ Thanh Hóa vào Vinh. Ban khai thác kênh Nhà Lê năm 1966 gọi tắt là "Ban KT66" được Bộ GTVT thành lập, chịu trách nhiệm chủ huy các lực lượng vừa nạo vét kênh, vừa vận tải, vừa trực tiếp bắn máy bay địch, vừa rà phá bom từ trường.

Sau khi giải thể Ban KT66 ngày 28/3/1969, Cục Đường sông đã thành lập Công ty vận tải 208. Quý IV năm 1969, Bộ GTVT quyết định thành lập 2 nhà máy CK69 và CK71 nhằm tăng năng lực sửa chữa phương tiện cho Cục Đường sông. Ty Quản lý đường sông (QLĐS) được thành lập theo Quyết định số 641/QĐ-TC ngày 28/3/1969, là một tổ chức quản lý giúp việc cho Cục về chuyên môn kỹ thuật, về đào tạo, về nhân sự, chính trị tư tưởng, về tài chính đối với các Đoạn QLĐS của toàn miền Bắc. Trụ sở Ty đặt tại ngoại thành Hà Nội (Liên Mạc, Cổ Nhuế, Tương Mai). Do yêu cầu thời chiến, Cục đã thành lập thêm Đoạn QLĐS số 10 (Nghệ An), sau đó thành lập thêm các Đoạn QLĐS Hải Phòng, Hải Hưng và Hà Nội. Đến năm 1973 thành lập thêm Đoạn QLĐS Quảng Bình. Riêng kênh đào Nhà Lê có các trạm: KT601, KT603, KT605, KT607 và KT609. Các trạm này quản lý 346 km từ ngã ba Chính Đại vào đến Bến Thủy.

Ngày 11-8-1976 là mốc ra đời Phân Cục Đường sông miền Nam trực thuộc Cục Vận tải Đường sông, chính thức thống nhất Ngành Đường sông Việt Nam. Tính đến đầu năm 1978, các địa phương có đường sông, kênh đã làm xong việc điều tra cơ bản, xác định số lượng phương tiện vận tải thủy của tư nhân với 636 tàu, thuyền tổng trọng tải 43.282 tấn phương tiện; thành lập được 12 hợp tác xã vận tải đường sông. Đến hết năm 1980, Ngành Đường sông vẫn là ngành thực hiện khối lượng vận tải lớn trong toàn ngành GTVT (chiếm 38% về tấn và 40% về TKm). Hình thức đại lý liên hiệp vận chuyển ở một số mặt hàng trên một số tuyến đã đem lại kết quả bước đầu.

Sau Đại hội đảng toàn quốc lần thứ VI năm 1986, Việt Nam bước vào thời kỳ đổi mới; đường lối đổi mới cơ bản là phát triển nền kinh tế thị trường theo định hướng XHCCN. Ngày 30/01/1993, thành lập Cục Đường sông Việt Nam (ĐSVN) trực thuộc Bộ GTVT trên cơ sở sáp nhập Tổng Công ty vận tải đường sông I và Khu Quản lý đường sông. Cục ĐSVN là cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành về giao thông vận tải đường sông trong phạm vi cả nước bao gồm sông hồ, kênh rạch, đường ven vịnh, đường từ bờ ra đảo và giữa các đảo.